U okviru Nacionalnog konventa o EU, platforme civilnog društva koja zastupa interese građana i građanki Srbije u svim fazama procesa evropskih integracija, CEP koordinira rad radnih grupa koje pokrivaju šest poglavlja i koja se odnose na ekonomski kriterijum u procesu pristupanja Srbije EU, kao i Međusektorskom radnom grupom za politički kriterijum.
Radne grupe čijim radom koordinira CEP su:
Radna grupa za pregovaračko poglavlje 1 (Slobodno kretanje robe)
Radna grupa za pregovaračko poglavlje 3 (Pravo poslovnog nastanjivanja i sloboda pružanja usluga)
Radna grupa za pregovaračka poglavlja 4 i 9 (Sloboda kretanja kapitala i Finansijske usluge)
Radna grupa za pregovaračko poglavlje 8 (Konkurencija)
Radna grupa za pregovaračko poglavlje 28 (Zaštita potrošača i zaštita zdravlja)